Wakil Suhakam ke AICHR

Mohamed Shafee adalah Pesuruhjaya Suruhanjaya Hak Asasi Manusia Malaysia (Suhakam). Pada 22 oktober 2009 beliau dilantik mewakili Malaysia ke Suruhanjaya Antara Kerajaan ASEAN Mengenai Hak Asasi Manusia (AICHR) – badan yang pertama seumpamanya di rantau Asia Pasifik. Pemimpin negara-negara ASEAN turut hadir sempena Sidang Kemuncak ASEAN ke-15 di Hua Hin, Thailand. Nama Shafee dicadangkan oleh Wisma Putra dan diterima Perdana Menteri Malaysia, Najib Razak. Beliau diharap dapat mempertahankan Malaysia daripada sebarang tuduhan serta melaksanakan tugas dengan berkesan.[3]

Membela Rais Yatim

Pada 13 Januari 2012, beliau menjadi peguam kepada Menteri Penerangan Komunikasi dan Kebudayaan, Dato' Seri Dr. Rais Yatim dalam kes saman fitnah dan menghina mahkamah melibatkan penulis blog Amizudin Ahmat. Pada 31 Jan 2011, Rais, 69, memfailkan saman terhadap Amizudin, 42, yang juga anggota jawatankuasa Angkatan Muda Parti Keadilan Rakyat (PKR) berhubung artikel yang disiarkan dalam blog sharpshooterblogger.blogspot.com, pada atau sekitar 28 Disember 2010.[4]

Wakil kerajaan Malaysia ke AS

Pada 18 April 2012, portal online Malaysiakini mendedahkan yang beliau dilantik oleh Perdana Menteri Malaysia Dato' Sri Najib Abdul Razak dan isterinya Datin Sri Rosmah Mansor untuk tugasan sulit di luar negara daripada 2 hingga 25 April 2012. Kandungan surat beliau didedahkan di Dewan Rakyat oleh Datuk Saifuddin Nasution Ismail (PKR-Machang) semasa membahaskan Rang Undang-undang Kanun Keseksaan (Pindaan) 2012. Shafee dilantik oleh kerajaan Malaysia untuk menjalankan tugas perundangan sensitif di luar negara yang mesti diselesaikan sebelum pilihan raya umum. Antara lokasi kunjungan beliau ialah New York, London , Dubai Paris dan Basel, Switzerland. Menteri di Jabatan Perdana Menteri Dato' Seri Mohd Nazri Abdul Aziz tidak dapat mengesahkan surat permohonan bertarikh 23 Mac 2012 berhubung pengecualian perbicaraan di dalam tempoh tersebut.[5][6]

Membela Abdul Razak Baginda

Beliau ialah salah seorang peguambela kepada Abdul Razak Baginda dalam kes pembunuhan Altantuya Shaariibuu.[7]

Membela Pasukan B UMNO

Beliau turut antara individu yang menyebabkan UMNO diharamkan oleh mahkamah pada 1986, dengan mewakili pihak yang kemudiannya menubuhkan parti Semangat 46, ketika berlaku kemelut dalaman UMNO pada ketika itu.[8]

Kes liwat II Anwar Ibrahim

Dato' Seri Anwar Ibrahim pernah tiga kali cuba menggugurkan Shafee daripada barisan pendakwaan atas alasan tidak layak, konflik kepentingan dan melanggar etika, tetapi tidak berjaya. Bekas presiden Majlis Peguam, Dato' Ambiga Sreenevasan menyatakan bahawa tidak pernah berlaku sebelum ini seorang pendakwa raya menyalahkan tertuduh selepas mahkamah membuat keputusan. Menurut Mingguan Malaysia Shafee sanggup bersumpah di tanah suci Mekah bagi membuktikan Anwar bersalah.[9]

Selepas perbicaraan , Anwar Ibrahim didapati bersalah dan dihukum penjara lima tahun. Ternyata Shafee selaku pendakwaraya menang kes. Bagi Abdul Talib Osman, tidak pernah lantik orang di luar daripada AGC untuk membuat pendakwaan. Tidak nampak keperluan lantik seseorang daripada luar.[10]